De nouvelles activités pédagogiques ont été conçues et élaborées par le Centre EDEN en collaboration avec des enseignants et des "classes pilotes" :

• Découverte du monde minéral ;
• Approche du monde microscopique ;
• Expertise d'un milieu aquatique ;
• "le grand jeu des déchets" ;
• Découverte du monde des étoiles.
• Pédagogie de projet

Le serveur informatique du Centre EDEN a évolué. La base de données sur la faune et la flore bourguignonne s'est enrichie de nombreuses espèces. De nouveaux jeux interactifs permettent d'aborder des grands concepts du monde vivant (l'adaptation, la prédation, pourquoi les oiseaux chantent, la croissance de l'arbre, les petites bêtes, …).

Des expositions temporaires fréquemment renouvelées permettent d'aborder des thèmes d'actualité (les inondations, le silure, les chauve-souris en Bourgogne, …), ou des thèmes plus généraux. ).

Le parc du Centre EDEN est aménagé comme un premier lieu d'observation et d'expérimentation : potager, verger, mare pédagogique avec lagunage, …