A l'Est du Département, le Val de Saône représente un écosystème original comprenant la rivière et la vallée alluviale inondée au moment des crues. La Saône et ses plaines inondables sont alimentées par le Doubs et ses méandres et par les nombreux affluents en Saône-et-Loire, dont la Dheune, la Grosne, la Seille...

Le Val de Saône est célèbre pour ses prairies de fauche où existe une soixantaine de plantes herbacées dont la Fritillaire pintade avec sa grosse clochette qui ponctue de rouge les grandes prairies. S'y ajoutent en mai de nombreuses orchidées qui témoignent de la richesse du milieu : Orchis à fleurs lâches et Orchis incarnat.

La diversité des oiseaux reflète la grande variété écologique. Au printemps, le Courlis cendré fait entendre ses trémolos amoureux, associés au cri caractéristique du Râle des genêts. Même si les effectifs du Courlis cendré ont augmenté, il reste menacé par la disparition des prairies : quant à la population du Râle des genêts, elle a fortement diminué au cours de ces dernières années, ce qui lui vaut d'être, aujourd'hui, en liste rouge européenne des espèces menacées de disparition.

Au printemps et à l'automne, le Val de Saône constitue une halte migratoire pour une foule d'oiseaux, qui circulent de Scandinavie en Afrique : Balbuzard pêcheur, Bécasseaux, Chevaliers... L'hiver, il constitue le refuge des Milouins, Morillons, Souchets, Sarcelles et autres palmipèdes...
 
 

A l'Ouest du Département, La Loire, considérée comme le dernier fleuve sauvage d'Europe, présente un intérêt majeur du fait de sa dynamique fluviale qui modèle le paysage et crée des biotopes remarquables. Berges arborées, plages de sable et de graviers, îles... constituent l'image typique de la Loire.

Les courants, au gré des crues, déplacent régulièrement le tracé du lit mineur, formant des méandres, des bras morts... En été, la Loire dégage de vastes grèves où la vie se réinstalle rapidement : végétation pionnière et annuelle. On trouve des conditions semi-tropicales sur les grèves basses, des conditions semi-désertiques dans la partie supérieure. La végétation herbacée à affinité méditerranéenne... On rencontre beaucoup d'espèces végétales d'origine américaine qui ont migré depuis les ports de Saint-Nazaire.

Cette multitude d'habitats explique la richesse floristique et faunistique.

L'étude des oiseaux révèle cette grande richesse. En effet, 23 des 149 espèces inscrites au livre rouge des espèces menacées en France se rencontrent le long de la Loire dans le secteur bourguignon.

La Loire constitue ainsi un magnifique conservatoire de la diversité ornithologique.

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